黄晓军教授长期聚焦白血病等其他恶性血液疾病的前沿研究和临床，创建骨髓移植中国科学新方案—“北京方案”，解决了“供者来源匮乏”这一世界性医学难题，使亲属成为移植供者的概率由不足25%上升至接近；显著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率从约20%升至70%左右。北京方案改变了世界半相合移植“不可逾越”的传统观念，使半相合移植成为白血病一线方案，促进了全球白血病和骨髓移植学科的在近20年的长足进步。
黄晓军教授主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等国家项目，在白血病等恶性血液病的、诊断等方面进行了系统性和开创性工作，以或通讯作者身份在新英格兰医学杂志（New Eng J Med，2篇）、临床肿瘤学（J Clin Oncol，1篇）、血液学（Blood，6篇）、白血病（Leukemia，5篇）等国际期刊发表SCI论文190篇，主编专著20部。牵头制定多项中国及亚太血液病指南/标准并推广普及，主持我国高水平多中心临床研究，领导建设中国造血干细胞移植登记数据库、慢性髓性白血病联盟，促进我国血液病诊治的规范化及人才建设。
造血干细胞移植是白血病的有效方式,供者来源缺乏是一世界性难题，北京大学人民医院黄晓军团队在自创的粒细胞集落刺激因子诱导免疫耐受的基础上，对单倍体移植技术的多个方面进行了创新与改进，形成国际公认的原创非体外去T单倍体造血干细胞移植体系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得与同胞全合一致的疗效。２０１６年，该方案被世界骨髓移植协会推荐作为全球缺乏全相合供体的移植可靠方案；该方案还被写入国际骨髓移植教材，并被美国、英国等国骨髓移植相关指南引用。
北京大学人民医院血液科黄晓军专家门诊在线预约
【社会任职】
《中国实用内科杂志》副主编
《中国学杂志》副主编
《中华医学杂志英文版》编委
《中华医学杂志》编委
《中国医学论坛》报血液肿瘤专刊副主编
《国际输血及血液学杂志》编委
《中国实验血液学杂志》副主编
血液学分会常务委员
北京医师专家委员
北京市血液肿瘤专业委员