由于风湿免疫相关疾病较多，临床上需要根据确诊的具体疾病来针对性的用药。常用的风湿免疫病的有非甾体药类，如双氯芬酸钠、美洛昔康、塞来昔布等；慢作用抗风湿药，如甲氨蝶呤、柳氮磺吡啶、来氟米特、羟氯喹等；生物制剂，如重组人II型肿瘤坏死因子受体-抗体融合蛋白、英夫利西单抗等；植物提取药，如雷公藤多苷片、白芍总苷片等；糖皮质，如强的松、甲泼尼龙等；其他，如锝99TC亚二膦酸盐注射液等。
医院现有重点学科9个，国家临床重点专科（军队）7个，全军医学专科研究所12个，国家、军队重点实验室5个，建成消化病、骨科、脑科、心血管病、皮肤病、整形等6个“院中院”。
医院于1958年实施国内首例体外循环心内直视手术，1960年成功救治面积96%、Ш度面积68%的重度患者，1986年实施世界首例十指离断再植术，1991年全国首创重组合异种骨移植术，1997年实施全国首例部分活体肝脏移植术，1999年实施全国首例部分活体小肠移植术，2006年实施世界第2例、国内首例“换脸”术，2007年实施世界首例异位辅助性活体肝移植术，2010年实施世界首例“两人异位”劈裂式肝移植手术，2012年实施亚洲首例血型不合亲缘性活体部分小肠移植术，2013年实施世界首例转基因猪-藏酋猴异种异位脾窝辅助性肝部分移植术，2014年为一例高致敏尿毒症患者实施国内首例肾移植联合辅助性肝移植。医院在肢体严重战创伤系列救治技术、重型颅脑伤检测与救治技术、全胸腔镜下脊柱侧弯矫形手术、胃癌早期诊断防治续贯策略、心血管疾病介入诊疗技术、全胸腔镜下心脏手术等方面形成特色优势，先后创造了20余项国内外“首创”、“”、“之”技术。国家开展的心、肝、肺、肾4项大器官移植项目，医院全部获资格准入。
医院科研实力强，2008年以来，获国家科技进步一等奖3项、二等奖3项，军队科技进步一等奖2项，军队医疗成果一等奖7项，陕西省科学进步一等奖10项。SCI论文数1784篇，被引用篇数、引用次数和表现不俗论文数量均排名全国医疗机构第二，新增国家临床研究中心、国家自然科学基金委创新研究群体、科技部重点领域创新团队、教育部创新团队、全军科技创新群体各1个，2010年至2014年国科金项目数连续五年破百，项目数和经费数均排名全国医院前茅。2012年，医院科技创新、机制创新、文化创新“三个创新”管理经验转发全国、全军卫生系统，人民日报、解放军报、光明日报、科技日报、健康报等五家中央媒体在头版头条进行深度报道。