在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
北京协和医院风湿免疫科作为我国风湿学病专业发展与人才培养的蕞早基地之一，自1980年建科历经四十多年风雨，集医疗、科研、教学为一体，不断提高风湿病学诊断水平，推动国内风湿病学的发展。科室树立了以科研为，教学为基础，医疗为根本的发展理念开展工作。目前全科46人，其中老专家3人，现有国家人事部留学归国人员科研基金（包括海外）获得者4人，政府特贴专家人3人，主任医师11人，博士生导师12人，副主任医师10人，硕士生导师12人，高级职称24人，中级15人，以及各类专业技术人员22人。临床40岁以下的青年医师中100％具有博士学位，80%具有在西方发达国家实验室工作进修的经历。目前有10位在全国学会任职包括中华医学会风湿病学分会主任委员、侯任主任委员以及中国医师协会风湿免疫科医师分会会长、副会长等，北京医学会任职10人。科室年门诊量超过13万人次，床位68张，为全国各地的危重疑难风湿病人服务。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
重视科研是协和风湿免疫科的传统。科室1979年起就率先在全国进行自身抗体检测的研究。1988年，“抗核抗体谱的建立及临床应用研究”获国家科技进步三等奖；1995年，“原发性干燥综合征的系列研究”获国家科技进步三等奖；近年来，获北京市科学技术奖、中华医学科技奖、华夏医学科技奖等省部级奖项共计13项。