令狐恩强率先定名完善消化内镜隧道技术，模糊了消化内外科的界限，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代长期存在以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。
令狐恩强从事消化病及消化内镜研究、临床、教学及保健工作，紧贴临床一线进行技术与理论创新。他提出的疾病分类、分型，被多个学会采纳写入指南。他定名和完善的消化内镜隧道技术，打破了传统内科和外科的界限，将一些原本由外科手术治 疗的疾病转为内窥镜下，且创伤极小、术后恢复快、费用低、疗效显著；他在消化管道深部脏器损伤治 疗方面处于世界领 先水平。
令狐恩强为中国逆行胰胆管造影（ERCP）规范的出台做出了积极的贡献，为中国消化道早癌的内镜下技术的完善与普及做了大量工作，为中国的内镜下早癌切除跻身世界先进行列做出了积极的贡献。
令狐恩强说，在2010年前后，我国提出消化内镜诊治新模式的概念，来践行早诊早治的理念。一方面是把检查切入点从有症状期提前到无症状期，另一方面则是形成以消化内镜治 疗为主，外科手术切除为辅，放化疗为补充的一套全新的治 疗概念。该理念保证了患者能在早期就能被发现，并进行有效的内镜下治 疗，具有良好的社会意义和经济效益。