履约保证金的结算包括返还、抵扣或没收等问题。一般来说，履约保证金在中标人履行合同后应予返还，但实践中，招标人与中标人通常会约定根据工程进展程度分阶段返还或在工程竣工后一次性返还，有的还规定以抵扣或没收履约保证金作为承担违约责任的方式之一。笔者认为，合同和法律没有规定的，不得抵扣或没收。对于抵扣或没收情形应限制在施工单位在施工工期、质量或者等违反合同约定应承担违约责任等范围内。在当事人既约定了履约保证金又约定违约责任条款的情况下，依照合同法百一十六条规定：“当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，双方可以选择适用违约金或者定金条款。”以及百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”履约保证金作为中标人承担违约责任的担保，如果中标人没有及时承担违约责任，履约保证金可作为招标人损失的弥补；如果中标人承担了相关责任，则招标人应在合同责任解除后退还全部的履约保证金。
商业保函性质
1、是独立于委托人与担保人之间的反担保或委托人与受益人之间的合同或投标条件之外的。
2、是依据其规定的条件生效的，由担保人以保函中规定的任何单据为基础做出决定的。
3、是不可撤销的。
委托人
是向银行或保险公司申请开立保函的人。委托人的权责是：
（1）在担保人按照保函规定向受益人付款后，立即偿还担保人垫付的款项。
（2）负担保函项下一切费用及利息。
（3）担保人如果认为需要时，应预支部分或全部押金。
履约保函
是指应劳务方和承包人（申请人）的请求，向工程的业主方（受益人）所作出的一种履约保证承诺。倘若履约责任人日后未能按合约的规定按期、按质、按量地完成所承建的工程，以及未能履行合约项下的其他业务，银行将向业主方支付一笔不超过担保金额的款项。该款项通常相当于合约总金额5%-10%。