代理记账机构，是指依法经批准设立从事代理记账业务的中介机构。代理记账机构主要包括代理记账公司、会计师事务所、税务师事务所以及具有代理记账资格的其他社会咨询服务机构等几大类。代理记账机构从事代理记账业务必须符合财政部发布的《代理记账管理暂行办法》中的关于从事代理记账业务应具备条件的规定。
财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账机构必须有3名以上持有会计从业资格证书的专职从业人员，且主管代理记账业务的负责人必须具有会计师以上专业技术职称资格。但实际执行中，相当部分的代理记账机构不符合此规定。
会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。