财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账机构的数量在不断增加，但整体规模普遍较小，代理业务范围不宽。真正能提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等会计服务的机构很少。
会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。
税务筹划
1、进行不同目的税务审阅，揭示现存税收结构中存在的税收风险和有待改进的环节;
2、了解公司经营结构和财务运作特点，对经营过程中涉税项目进行分析，挖掘节税潜力;
3、结合公司整体经营思路，为公司确定、改变经营方针与战略提供相关内部税务政策的调整与改进建议;
4、帮助公司贯彻实施税收筹划方案。