财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账机构必须有3名以上持有会计从业资格证书的专职从业人员，且主管代理记账业务的负责人必须具有会计师以上专业技术职称资格。但实际执行中，相当部分的代理记账机构不符合此规定。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
一般，代理机构会提供以下业务：
1、整理原始单据、记账凭证；
2、出具财务报表（资产负债表、损益表）；
3、每月纳税申报及税款交纳，年度所得税汇算清缴；
4、新公司国地税报到等；
另外，有些机构可以提供免费的每月报税短信通知，邮件通知服务。