财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
实际执行中很多代理记账业务操作不规范、内部管理制度不健全现象十分普遍，部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
业务范围
1、代理各个税种的纳税申报，代理企业纳税情况自查及清算各种税款业务;
2、代理企业整体税务安排、投资项目税收评估，代理制作涉税文书。
3、建立企业纳税核算体系用办税制度，为企业设计财务制度。
4、协助企业进行股份制改及企业间兼并、收购工作，代理设计经营管理制度。
5、为企业提供报表分析，提供其他管理建议。
6、委托人要求的其他常年代理业务。
有百分之九十八的代理记账机构会提供整理原始凭证、编制会计凭证、登记账册、编制会计报表、纳税申报五项基本服务。
一般，代理机构会提供以下业务：
1、整理原始单据、记账凭证；
2、出具财务报表（资产负债表、损益表）；
3、每月纳税申报及税款交纳，年度所得税汇算清缴；
4、新公司国地税报到等；
另外，有些机构可以提供免费的每月报税短信通知，邮件通知服务。