财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过低价进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
税计顾问
1、提供日常财税知识咨询，包括电话咨询、上门咨询、网上咨询。
2、指导或协助企业办理日常涉税事项;
3、协助或指导企业进行财税知识培训，免费参加所统一组织的业务培训;
4、定期组织客户参加税务咨询列会;
5、每月发放一期《税务咨询信息》,每年赠送《企业财税法规汇编》。
6、委托人要求的其他业务。