审计项目的确定。通过上述资料的收集、整理与分析，拟定审计项目，审计覆盖率和重点，详见《审计项目确认工作底稿》。
编制审计计划。根据所确定的审计项目，编制详细的审计程序，完成《审计程序表》;合理调配、组织人员，明确分工，做好时间预算。
下发《审计通知书》。根据上述的计划与安排，填写《税务审计通知书》，至少提前三天，将所要进行审计的内容、具体时间、地点、审计人员所需审计的有关纳税资料和要求纳税人配合事项等通知纳税人。
现场实施阶段。对纳税人单位的税务状况及各类税务报表等材料进行具体审查，对期间发现的问题进行详细记录。
从审计目的来看，纳税审计的目的 是通过纳税报表监督纳税人执行税法，依法纳税，保证国家的税收收入，而财务审计则旨在判定财务报表是否公允地反映财务状况和经营状况，以及会计处理办法是否符合会计准则的要求。
纳税审计与纳税检查一样都是以有关的税收法规、制度等为依据，对纳税人履行纳税义务的情况进行审查。但二者相比较，纳税审计具有的特点主要表现在审计对象和审计主体上。从审计对象来看，纳税的对象包括纳税人纳税行为的审计，也包括征税行为的审计。纳税检查仅包括纳税行为检查。从审计主体来看，纳税审计的主体是独立的，公正的第三者。纳税检查的主体主要是税务机关，此外还包括纳税人内部的纳税检查。