太阳能热水器用久了就容易起水垢，在水箱内部以及真空管的管口处都有可能是厚厚的一层，像煤渣一样，堆起来满满的一坨。水垢的热传导能力很差，仅不及铁、铜金属或玻璃的1%，水吸收热量下降，真空管中由于水侧面水垢的热阻隔，使水的吸热量不足，水的温度难以升高。另外，水垢会使金属管壁局部过热，当壁温超标时，就会使其局部变形、鼓包甚至破裂。
1.在为太阳能热水器除垢的时候，先要将热水器的进水口打开，之后倒入除垢液，除垢液的用量需要根据太阳能的容量而定。
2.使热水器自然循环30分钟左右，这时除垢液就会均匀的接触到热水器各个部位。
3.打开热水器的排水口，将除垢液排出，再往水箱中加入水，循环一次之后再次将水排出，然后拔出太阳能热水器的真空管。
4.在拔出真空管之后，我们将真空管中的水垢倒出，然后单独对真空管进行清洁。这时将除垢液倒入真空管中，对真空管多次进行清洁，直到真空管中的水垢被清洁干净。
5.太阳能热水器真空管的水垢清洁干净之后，重新将其安装在热水器上，然后加水放水进行清洁，直到清洗工作完成。